AVI以外のコンテナに入れる場合、必ず-vf チェイン末尾に harddup を加える必要があります。というのは、複製フレームが発生しても、必ず映像データに書き込まれるとは限らないからです。 harddup 抜きの場合、MEncoderは複製フレームの存在を映像ストリームにマーキングするだけです。これは再生ソフトに同じフレームを表示し続けるよう指示するマークです。残念な事に、この ”ソフト・デュプリケーション” は remux で失われてしまいますから、徐々に映像と音声の同期がずれてゆく事になります。
最終的な-vfチェインは以下のようになります。
-vf crop=720:352:0:62,scale=-10:-1,harddup
補足：
“ソフト・デュープ・マーキング” はAVI固有のヘッダのようで、 harddup 抜きだと AVI からraw videoを抜き出した時点で総フレーム数が大幅に不足している事がある。これは harddup を知らない人（例えば2005年10月以前のオレ）が作ったXvid / x264.aviは、そのまま.mp4化するとA/V Desyncが起きる事を意味する。
http://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML/en/menc-feat-quicktime-7.html#menc-feat-quicktime-7-avsync
Because you will be remuxing into a different container, you should always use the harddup option to ensure that duplicated frames are actually duplicated in the video output. Without this option, MEncoder will simply put a marker in the video stream that a frame was duplicated, and rely on the client software to show the same frame twice. Unfortunately, this “soft duplication“ does not survive remuxing, so the audio would slowly lose sync with the video.
The final filter chain looks like this:
-vf crop=720:352:0:62,scale=-10:-1,harddup
